不必提及李靖回到关隘。现在说石矶娘娘追赶哪吒，她乘飞云、闪电，风雨骤至，一直追赶多时。哪吒只得来到乾元山。他进入金光洞，急忙跪拜在太乙真人面前。真人问道：“哪吒，为何如此惊慌？”哪吒回答：“石矶娘娘怪我射死了她的徒弟，拿着宝剑赶来要杀我，还把您的乾坤圈和混天绫都拿走了。现在她在洞外不肯离去，我实在无计可施，只好前来求见师父，恳请拯救！”太乙真人说：“你这个孽障，暂时躲在后园，等我出去看看。”真人走出洞门，倚靠在那里，只见石矶满脸愤怒之色，手持宝剑，凶狠地赶了过来。看到太乙真人，石矶行礼道：“道兄请安！”太乙真人也还礼。石矶说：“道兄，你的门徒依仗你的道术，射死了我这可怜的碧云童子，还重伤了彩云童子，还把乾坤圈和混天绫夺走，来伤害我。道兄，我恳求你把哪吒叫出来见我，好好协商解决，化解一切纷争。如果道兄隐瞒不说，只怕明珠会被糟踏，结果会适得其反！”真人说：“哪吒在我洞里，叫他出来并不难，你只需要前往玉虚宫见我的教主师尊。他满意，我也满意。哪吒奉旨出世，辅佐明君，这不是我个人的私事。”娘娘笑道：“道兄说得不对！你把教主压在我头上，是不是允许你的徒弟行凶，杀死我的徒弟，然后却用大话来威胁我？这样的话，我还不如你，我就此罢了！”
话说太乙真人说：“石矶，你声称有高尚的道德。你是截教，我是阐教，我们这些人一千五百年来从未违背了斩除三尸的原则，未曾触犯杀戒，因此在这个人间降生，用来执行惩戒杀伐，完成我们的劫数。如今成汤已经合并，周朝即将兴盛，玉虚山要封神，我们应该享受人间的富贵。当时三教共同协商，制定了封神榜，我的师父命令我教门下的徒众降生人间，辅佐明君。而哪吒乃是灵珠子转世，辅佐姜子牙来平定成汤，他所遵循的是元始天尊的掌教命令。伤害了你的徒弟，都是天数所定，你怎么会声称包罗万象，未来必然飞升？你们似乎是毫无忧虑，不论荣辱，正专心修持，为什么要轻举妄动，自己损害雅道呢？”石矶娘娘忍不住怒火，大声喝道：“道理相同，怎么会有高低之分？”太乙真人回答：“虽然道理是相同的，但各自有所阐述。
石矶娘娘大怒，手持宝剑迎面劈砍向太乙真人。太乙真人避让，迅速退入洞内，取出剑挂在手上，暗中藏着一物。然后朝东昆仑山下拜倒：“弟子在此山内施展了杀戒。”礼毕后，他出了洞，指着石矶娘娘说：“你根基薄弱，修行难坚，竟敢在我乾元山自以为凶悍？”石矶再次挥剑攻来，太乙真人用剑挡住，口中称道：“好啊！”
石矶原本是一块顽石修炼成精，吸取天地灵气，汲取日月精华，修行数千年，然而尚未得道成仙，如今遇到大劫，本身的本像难以保全，所以来到这座山。一方面是石矶的命数已近尽头，另一方面是哪吒注定要在此地诞生。命运已定，何能逃脱？
石矶娘娘与太乙真人交战冲突，几番激烈的交锋，两剑相交，还未来得及数合，只见天空云彩辉煌，石矶娘娘将八卦龙须帕扔向空中，意图伤害真人。太乙真人笑道：“万邪岂能侵犯正道？”真人口中念念有词，伸手一指：“这物品不会掉下来，还等待什么时候呢！”八卦帕悬浮在半空中，然后缓缓降下。石矶勃然大怒，脸色变幻如桃花，手中剑宛如雪片飞舞。太乙真人说：“事到如今，不得不行动了。”他一个跳跃，跳出了八卦圈，将九龙神火罩抛向空中。石矶见到这个罩子，试图逃脱，但已经被罩在其中。
此时哪吒看见师父使用这个法器困住了石矶，不禁感叹：“早些时候传授给我这个法器，也不会花费这么多力气。”于是哪吒走出洞口，朝师父走来。太乙真人转头看见徒弟来了：“哎呀！这个顽皮，他看到这个法器，终究还是想要的。但如今他还用不到，等子牙拜托之后，再传给他也不迟。”真人急忙说：“哪吒，你快去！四海龙君已经奏请玉帝，要来接你的父母了。”哪吒听到这话，瞬间泪流满面，恳求真人说：“师父，求您慈悲，保佑我一双亲！我给他们带来了灾难，成为他们的累赘，他们的心情如何安宁？”说完，他放声大哭。太乙真人见哪吒如此真诚，侧耳低语：“如此如此。我能解救你父母的困境。”哪吒感激不已，借助土遁之法前往陈塘关。
且说太乙真人将石矶罩入其中，石矶在罩内一片迷茫，不知方向。真人用双手一拍，罩内立即升腾起火焰，光芒四射，九条火龙盘旋其中，这是三昧神火正在烧炼石矶。随着一声雷鸣，娘娘的真正形态被炼狱出来，原来只是一块顽石。这块石头生于天地之外，历经地水火风的磨炼，成为了一位灵性之物。如今天命已定，注定在此地消逝，因此现出了其真实形态。这也是太乙真人应当施展的开杀戒之时。真人收回神火罩，收起乾坤圈和混天绫，然后返回洞内。暂时不提及其后情况。
另一方面，哪吒急忙奔向陈塘关，却见帅府前人声喧嚣。众将士看到公子回来，立刻向李靖报告：“公子回来了。”此时四海龙王敖光、敖顺、敖明、敖吉正在一旁观望，却见哪吒大声喊道：“每人做事要自负其责，我打死了敖丙、李艮，我也要承担责任。岂有将父母牵连其中的道理？”然后对敖光说：“我虽然不轻，但我是灵珠子，奉玉虚符命而应世而来。今日我将剖开腹部，取出心肝肺，还给父母，不再累及他们。你们怎么看？如果不同意，我会与你们一同前往灵霄殿见天王，我会有话要说。”敖光听到这番话：“好吧，既然你这样救你的父母，也有了孝道的名分。”于是四海龙王便释放了李靖夫妇。哪吒随后提起剑，先砍去自己的一只手臂，然后自己剖开腹部，取出内脏，剔骨割肉，将七魂三魄散去，最终生命消逝。四海龙王依照哪吒的要求，将情况回复了天王的旨意。此时暂不表述。
殷夫人见到哪吒的尸骸，用棺木盛着将其埋葬。此时暂不表述。
另一方面，哪吒的魂魄无处栖身，魄无所寄托。他原本是宝珠化形，凭借精血才拥有了魂魄。哪吒的魂魄漂浮飘荡，随风而至，最终飘到了乾元山。