同时胡宗宪还提到了澳门的问题，嘉靖三十二年的时候，西夷借口借地晾晒水浸货物，以白银五百两贿赂时任海道副使汪柏，获准在澳门半岛暂时居住，后来就向广东地方衙门支付每年五百两的地租银，声称租借澳门。

此事并没有上奏朝廷，胡宗宪是在巡视广州海关的时候知晓的，现在这帮西夷在澳门设立市政委员会，还有一支小型警卫队，建立税关向停泊澳门的葡国船只另行收税，以维持澳葡政府经费，甚至还修筑炮台等物，这在胡宗宪看来是绝对不能允许的。

朱载坖也坚决不同意，高拱等人甚至要求严惩汪柏，以儆效尤，朱载坖对一众臣子们说道：“我大明领土，寸寸载于典籍，尺土不可以让人！立即严令广东有司衙门，严查此事，朕断不能容此事！”

再和臣子们商量之后，朱载坖下旨，升殷正茂为总督两广都御史兼兵部左侍郎，同时严令提督两广军务俞大猷率兵将澳门的一应炮台等拆毁，火炮收缴，解散武装，收缴武器，同时不允许西夷在澳门有任何政府组织，大明没有租借国土这一说，若再发生这种事情，朱载坖要求将涉事官员即行正法，夷其三族！

至于在澳门的西夷，可以留在大明，但是必须遵守大明的法度，按照大明的法度缴纳赋税，还有就是，澳门不是大明规定的通商口岸，不允许他们在澳门私自进行贸易。

据胡宗宪的查访，西夷在澳门擅设海关，私征关税，使得大明税收流失，尤其是佛郎机人还享有任何外国人不享有的特权，如一艘2000料级的佛郎机船经第一次丈量后，缴付1800两白银作为泊税，以后每次前来，只需缴纳此数的三分之一，而一般同样吨位的其他国家船只，无论是第一次或以后各次抵港都需付5400两白银。

听到这个数字，连高拱等人都大为咋舌，一条船就五千两银子，十条船就是五万两银子，大明要是这么收税的话，那得收多少银子啊？

朱载坖这才说道：“诸位，现在知道了吧，这海上贸易本就是暴利之事，所以必须要科以重税，以资国用。”

朱载坖命令俞大猷会同广东地方官府，立即率兵将澳门的一切军事设施予以捣毁，不准佛郎机人在澳门设立任何行政、司法机构，更不能允许他们在此收税，简直是奇哉怪也，西夷在大明的国土上设立海关，征收关税，把朱载坖当什么了？

同时朱载坖还命令将佛郎机人在澳门征税的规定加以翻译，用于大明海关的征税。

朱载坖对于这种事情极为警惕，在处理了澳门的事情之后，朱载坖专门下达圣谕，重申大明领土尺寸不可以让人，不管是什么租借也罢，暂借也罢，一概不能允许，凡是再有此类事情发生，所属地方的州县官员就是弃城失地论处，严惩不贷！