其次就是蓟镇的练兵问题了，朱载坖准备全力支持戚继光在蓟镇的修筑空心敌台和编练车炮营的举措，朱载坖和户部、兵部商量之后，决定蓟镇边墙的空心敌台，一共分为三年，逐年向蓟镇拨款，因为朝廷不仅仅只在蓟镇修整边墙，其余各镇也需要修整边墙，整顿兵马。至于戚继光要求的七个车炮营，现在已经编练了三个，剩余四个，朝廷分为两年拨款编练。

还有就是在北方大兴水利，这是朱载坖早就想做的事情了，在南方无论是士绅还是地方官府，都相对富裕，能够有钱兴修水利，而北方无论是百姓还是地方官府都穷困不堪，哪里有钱来兴修水利啊，只能够由朝廷拨款来帮助地方兴修水利，增强百姓抵御天灾的能力，朱载坖希望这样可以尽可能的减少流民，让百姓安顿下来。

朱载坖始终认为，流民是对大明最危险的，一定要尽可能的安顿流民。减少流民的产生，而流民之所以产生，最主要的原因就是北方的水旱无时，北方本就土地贫瘠，产量远远不如南方，一旦遭灾，百姓毫无储蓄，只得沦为流民，流民聚集是要出大乱子的。

这点得到了内阁和户部的支持，朱载坖在和内阁、户部商量之后，决定先在北直隶开展兴修水利的举动，因为北直隶毕竟是天子脚下，很多事情是朱载坖看得到的，而且海瑞的操守也值得信任，由他办理此事朱载坖也放心。于是朱载坖亲自下旨给海瑞，明年在北直隶各州县兴修水利，以二十万两为限，由海瑞拟定方案，报工部、户部批准之后动工。

北方和各州县想要兴修水利的，也可以上奏朝廷，经过工部、户部协商之后，由朝廷补贴部分款项，同时下令将兴修水利纳入州县官员的考成之中。

而到了隆庆三年正月，朱载坖就忙于各种祭祀活动，由于今年要南巡，所以各种祭祀活动非常之隆重，朱载坖自己亲自祭祀太庙，同时带上太子祭祀社稷，遣英国公、成国公、定国公、武定侯、阳武侯、宁阳侯、安远侯、丰城侯分别祭祀成祖、仁宗、宣宗、英宗、宪宗、孝宗、武宗和世宗诸陵。

令魏国公徐鹏举、督师南京张居正、南京守备恭顺侯吴继爵祭祀孝陵，承天府官员祭祀显陵，先把所有的祖宗都拜了个遍，礼多人不怪嘛。

在此之后，朱载坖就南巡的具体时间和诸位重臣们开始商议起来，最开始重臣们建议端阳节之后出发，这个时间被朱载坖坚决拒绝了，因为往返南京就要两月，朱载坖还考虑到防秋的事情，朱载坖担心俺答今年会缓过来进犯大明，所以最好是早去早回。

经过朱载坖和重臣们的商议，再加上钦天监的测算，最终决定在隆庆三年三月十六日出发，朱载坖随即下诏，将南巡的事情正式昭告天下，同时由于要南巡，朱载坖亲自前往嘉靖的永陵，祭祀先帝，向先帝禀报此事。

隆庆三年三月十五日，朱载坖祭祀宗庙之后，将太子朱翊釴叫到了文华殿，向他交代事情。