朱载坖命令从东南府县所缴纳的本色中拨出六十万石，于南巡路上分批囤积，以供随驾大军支用，尽可能的避免滋扰地方，加重百姓的负担。

同时为了尽可能的减少耗费，朱载坖肯定是选择通过水路抵达南京，这样也舒适一些，同时也避免沿途建造、征用行宫，太过于劳民伤财，朱载坖还特地下旨，自己沿途驻跸之所，不许新建行宫，只暂时征用房舍数日即可，还要照价给付租金。

接下来就是时间的随行人员了，因为要走水路，所以肯定是在运河化冻之后，而且朱载坖也要等到武举之后，最早也是四月份才行了。这样地方州县和南京也有充分的时间准备。

接下来就是随行人员了，主要是随扈大臣和护卫官军，朱载坖的意思是马芳统帅的六千精骑加上新组建的亲军四卫，总兵力已经高达二万七千人了，再加上锦衣卫、御马监、勋卫等禁兵、宿卫，总人数肯定超过三万人了，朱载坖可以借机锻炼一下亲军四卫的战斗力。

但是杨博等人坚决反对朱载坖的方案，原因很简单，马芳部是外兵，从未担任过随扈护驾的任务，而且马芳部中有蒙古人，杨博认为马芳部中不一定完全可靠，亲军四卫就是新组建的新兵，来源复杂，将朱载坖的安全交付给他们实在是不放心，还是要从京营和御马监禁兵中选择忠诚可靠的士卒军官，承担护驾的重任。

经过一番讨价还价，朱载坖和内阁、六部商议，从马芳部中挑选三千可靠的精锐士卒，效仿戚继光的模式互相具保，充作护卫官军，然后调御马监勇士营精骑归马芳指挥，组成护驾骑兵。

新组建的亲军四卫，只调府军前卫参加随扈，剩余的护驾官军，从京营和御马监四卫营中挑选，同时委任公侯伯担任护卫诸营指挥，以英国公张溶提督护卫官军总兵官，丰州伯马芳为护卫官军副总兵，遣成国公朱希忠为前锋总兵，率军在为圣驾开路，定西侯蒋佑为左哨总兵，宁阳侯陈维藩为右掖总兵，武定侯郭大诚为后卫总兵，临淮侯世子李言恭统帅御前精骑，英国公世子张元功、定国公世子徐文壁管带勋卫。

锦衣卫指挥使掌北镇抚司事陆绎随驾护卫，管带红盔、明军、大汉将军及锦衣亲军。

处理完了这些护卫官军的事情，就是随扈的重臣们了，首辅李春芳自然是要留守京师，处理日常政务的，经过商量，内阁李春芳、郭朴、殷士儋三人留守，高拱、陈以勤两位随驾，六部尚书中吏部尚书杨博和户部尚书马森随驾，其余各部派出侍郎一人随驾，都察院右都御史李开先随驾，翰林院朱载坖钦点了王锡爵、申时行、许国三人随驾。

同时朱载坖还委任总督京营戎政临淮侯李庭竹守备京师，与协理京营戎政兵部左侍郎汪道昆一道掌握京营，定国公徐延德为中军都督府左都督佥书中军都督府，在朱载坖巡幸时，日常事务由首辅李春芳与留守的内阁成员会商决定，辅佐太子朱翊釴监国。

锦衣卫指挥使朱希孝留守京师，宿卫宫禁，御马监掌印兼提督东厂冯保掌握剩余的御马监禁兵，兵符由皇后和皇太子掌握，同时练兵总理大臣兼提督蓟辽军务总兵官戚继光也要加强戒备，派出精骑与圣驾保持联系，除朱载坖手诏中旨之外，概不得受。