时间一晃，六年已过，到了日向宁次在忍校毕业的时刻。 六年时间内，日向宁次一边教育天天，训练天天之余，还通过日向孝联系上了晓组织，提供了很多有关基层管理的学习教育，让晓组织教育出一批基层的管理人员。 晓组织也通过日向宁次发送过去的文件中，认识到在统一世界后，不能仍然依靠以前的五大忍村统治模式，几年内在按照日向宁次的文件提醒，教育出的基层管理人员，开始进行对雨忍村的管理，目前有着不错的成效，让晓组织他们对尚未谋面的日向宁次更加信任了。 与此同时，六年前在和日向宁次谈过之后的猿飞日斩，派遣了自来也和旗木卡卡西以及精通侦查的暗部的小队，前往山岳墓场。 他们并没有找到宇智波斑，而是在那里遇上了宇智波带土，和宇智波带土发生了剧烈的战斗，旗木卡卡西从而确定了那就是宇智波带土，尽管那个蒙面独眼人一直都在说自己的是宇智波斑。 他们没有能够留下宇智波带土，在进入山岳墓场里面侦查的时候，发现完善的生物医疗等研究室，一个庞大完整的地下基地，直接就被放弃，匆忙的离开山岳墓场。 由此，猿飞日斩几乎是确定了宇智波斑的存在，也确定日向宁次的说话，对日向宁次更为忌惮，并且向日向宁次购买了不少的初级修补血肉丸和中级修补血，以及一颗高级修补血肉丸来备战。 至于志村团藏被日向宁次打败之后，就更加的神秘和深居简出，偶尔派人来购买初级修补血肉丸和中级修补血肉丸和一颗高级修补血肉丸。 比较有意思的是，药师兜不知道从哪里知道修补血肉丸的效果，有时候变身为暗部或者根部的忍者过来购买部分初级，中级，高级修补血肉丸。 与此同时，迈特凯，旗木卡卡西，自来也，还有一些知道情况的家族忍者都有购买各种级别的修补血肉丸。 卖得多了，消息也最终流到日向宗家的耳朵中。 原本日向宁次敢不来见自己，日向日足就已经很生气了，念及他是自己弟弟日差的儿子，以及日向宁次和火影猿飞日斩走得很近，日向日足打算当日向宁次死了，只要不做出任何伤害日向家的事情，日向日足懒得理会他了。 现在知道日向宁次自己制造的一颗初级修补血肉丸五十万，中级修补血肉丸五百万，高级修补血肉丸五千万一颗，并且还知道卖了几颗高级修补血肉丸，宗家的长老们忍不住了，立马派人喝止日向宁次的行为，命令日向宁次交出日向家一直秘传的修补血肉丸的药方，速速回来日向家谢罪。 当然，被宗家长老派过来的日向分家成员，也是日向宁次的人。 在日向一族之中，已经有近一大半的日向分家成员，被日向孝发展为日向宁次的下属，被日向宁次教导了混元肉体磁场拳法。 当宗家长老知道日向宁次无视他们之后，宗家长老们很生气，脾气火爆的宗家三长老带着两名日向家分家的人来找到日向宁次，想要施展笼中鸟来折磨日向宁次，逼日向宁次就范。 笼中鸟的施展距离其实是在十米之内的。 只是家族大义，以及笼中鸟的锁定后代诞生，还有即使有笼中鸟，外界也会有赏金悬赏日向家族的人或者尸体用来研究，一般情况下，没有几个日向分家的人选择逃离日向一族的。 所以尽管笼中鸟只有十米，但日向分家的人都没有选择逃离日向一族。逃离了百搭，生不下孩子。 日向宁次的修补血肉万利益太大了，他们不能够容忍一个分家的成员如此不识趣的独占。 分家是什么？ 分家就是为了宗家而存在的。 分家的一切理应就是宗家的，只有宗家才有日向一族的存在。 宗家三长老来到日向宁次的院子，直接被身后的两名的日向分家忍者偷袭死亡，宗家三长老的一双白眼让日向宁次研究了一下，就装了起来。 至于宗家三长老的尸体，被日向宁次吩咐两名日向分家的忍者扔入死亡森林中，让野兽吃了。 而两名宗家三长老分家的忍者，被日向孝安排去汤之国的基地。 一段时间之后，日向宗家才发现宗家三长老没有消息，法相宗家三长老失踪了，宗家四长老怀疑和日向宁次有关，于是带着两名日向分家的忍者，前来找日向宁次责罪。 之后宗家四长老被背后的一名分家忍者从背后掏穿心脏死去，另一名日向分家的忍者和投向日向宁次的分家成员和战斗，不敌死亡。 宗家四长老又被掏了眼睛，之后扔到死亡森林让野兽吃了尸体，剩余的一名分家忍者，被日向孝安排去雨忍村做教师去了。 日向宗家家主日向日足终于发现不对劲了，在某次日向宁次放学后，直接堵住日向宁次，把日向宁次带回日向家族的驻地，想要直接使用笼中鸟控制日向宁次，被日向宁次打成重伤。 自此，日向家族宗家沉默了下来。 而一直看这场好戏的猿飞日斩和志村团藏，则是无可奈何的叹息。 他们心中警惕着日向宁次，志村团藏倒是没有和日向宁次有交流，猿飞日斩倒是脸皮挺厚，偶尔会出钱购买日向宁次的问题，但不是每个问题都有答案，尤其是在告诉猿飞日斩之后，猿飞日斩之后的行动完全破坏了日向宁次熟悉的世界进程。 这倒是让猿飞日斩松一口气不少，日向宁次也不是所有都知道的。 但即使如此，宇智波一族内部仍然是很不稳定，宇智波内部抗议的程序日渐强烈，猿飞日斩及时的放出宇智波斑仍然在世，之前九尾在木叶村失控，四代火影死亡的事情，就是宇智波斑控制宇智波带土做下的恶事。 此举一出，宇智波一族顿时哗然，把注意力转移到宇智波斑和宇智波带土上，猿飞日斩及时的命令宇智波富岳带领那个宇智波族人去查找凶手，务必要让宇智波一族雪其耻。 说是让宇智波一族雪其耻，但是木叶村内部的利益也完全没有一丝让给宇智波一族，此前宇智波的族地也没有还回来，在宇智波一族追查宇智波斑和宇智波带土未果，没有看到什么消息后，宇智波一族开始怀疑猿飞日斩是骗他们的了。 于是，宇智波一族不过半年时间，内部不满的情绪又越加强烈起来。 猿飞日斩几乎是把宇智波一族灭族的日子拖后了一年时间。 在某个月黑风高之夜，宇智波鼬和宇智波带土，志村团藏领导的根部全员出动，在宇智波一族的族地中爆发出大战，以迅雷不及掩耳之势团灭了宇智波一族。 当晚，猿飞日斩带领着暗部和诸多的家族忍者赶到现场的时候，宇智波鼬开着须佐能乎，扔下痛苦的宇智波佐助，宇智波带土缭卷漩涡，离开这木叶村。 自此，宇智波一族在木叶灭族，只剩下一个宇智波佐助。