当时刘秀给马援五千骑兵去招降隗嚣部属和羌族豪长，想在内部分化瓦解隗嚣。

结果这位隗嚣不但没有投降刘秀，反而是向公孙述投降了，其实隗嚣这么做也并不算是奇葩，毕竟敌人的敌人就是自己盟友。

结果这位公孙述也不和隗嚣客气，直接封隗嚣为宁王，并且继续去和刘秀对抗。开始的时候隗嚣还是夺回了陇西的部分地区的，但是等隗嚣了自然死亡以后，隗嚣的儿子隗纯就接替了了父亲的王位。

最后直到建武八年，隗纯投降了汉军，随后刘秀又用了四年的时间才收复陇西地区。

平定陇西后，刘秀又从南北两个方向，对巴蜀益州的公孙述展开了攻势。

建武十一年三月，大司马吴汉率荆州兵六万顺着长江西侧进攻巴蜀，大军顺着三峡长驱直入的就到了江关，后来又直破江州。同年六月汉军攻破平曲。

建武十二年大将吴汉败蜀军于鱼腹津，并且歼灭蜀援军五千余人，随后西上再破广都逼近成都。但是由于吴汉求胜心切，所以在成都没讨到多少便宜，随后吴汉转变战术乘夜撤到锦江南岸与副将刘尚合兵，这才转败为胜。

此后吴汉又根据刘秀布置的战术，与蜀军战于成都广都之间，随后就歼灭了公孙述的主力部队，最后大军终于来到了成都城下。

十一月，大将臧宫攻克繁城与吴汉会师合围成都。

公孙述临时羡招募了五千新兵继续对抗，虽然也打败了吴汉，但是终究还是兔子尾巴长不了几天了，随后吴汉隐蔽精锐诱敌深入，公孙述贸然出击结果就是重伤战死。大将延岑也很快投降了刘秀。

至此从刘秀登基以后，一直到了建武十二年，东汉光武帝刘秀灭赤眉收关中，收陇西攻巴蜀这才算完成了大汉王朝的又一次大统一。