1. 政治权力争夺：

成吉思汗的权力分配：成吉思汗将大片领土分封给四个儿子，老大术赤、老二察合台、老三窝阔台、老四拖雷都有了自己的领地，这虽然在一定程度上巩固了蒙古的初期统治，但也为日后的分裂埋隐患。窝阔台虽继承大汗之位，但拖雷掌握了大部分军队和成吉思汗的大部分遗产，导致大汗权力受到制约，各支系势力逐渐壮大后，便有了与大汗分庭抗礼的资本。

汗位继承纷争：

窝阔台死后，其遗命是让孙子失烈门继承汗位，但他的妻子乃马真后却想让自己的儿子贵由出任大汗，这引发了内部的权力斗争和不同势力的反对。贵由上台后，与术赤系的领袖拔都矛盾公开化，使蒙古帝国的内部矛盾进一步加剧。

贵由汗死后，拖雷家族在术赤家族的支持下，让拖雷的长子蒙哥出任大汗，这引起了窝阔台家族的不满。蒙哥汗对窝阔台家族进行了清洗和镇压，但也使得窝阔台系和察合台系的势力与中央政权的矛盾更加不可调和。

蒙哥汗在钓鱼城去世后，他的两个弟弟忽必烈和阿里不哥展开了汗位争夺。忽必烈在开平称汗，阿里不哥在和林称汗，双方爆发内战。这场内战不仅使蒙古帝国东部陷入分裂，西部的旭烈兀和术赤家族的别儿哥也因宗教等问题爆发冲突，蒙古帝国彻底陷入混乱。

2. 经济基础差异：

蒙古帝国疆域辽阔，不同地区的经济发展水平和模式差异巨大。中原地区、西亚地区、东欧地区等都有各自的经济体系和特点。例如，中原地区以农业经济为主，有着发达的农业生产和商业贸易；西亚地区则是重要的商业和贸易中心。各地区在经济上的独立性较强，缺乏紧密的经济联系和统一的经济管理，难以形成强大的经济凝聚力来维系帝国的统一。

随着蒙古帝国的扩张，对各地区的经济掠夺和剥削也日益严重，这引发了当地人民的不满和反抗，进一步削弱了帝国的统治基础。

3. 文化差异与隔阂：

蒙古帝国统治的地区涵盖了众多不同的民族和文化，包括汉族、伊斯兰文化、基督教文化等。不同文化之间的差异和冲突难以避免，例如在宗教信仰、风俗习惯、价值观念等方面存在着很大的不同。这种文化上的差异使得帝国各地区之间的认同感和凝聚力较低，难以形成统一的文化认同和国家意识。

蒙古统治者在文化政策上也存在一定的问题。一些统治者试图强制推行蒙古文化，忽视了其他民族文化的存在和价值，这引起了被统治民族的反感和抵制，加剧了文化上的矛盾和对立。

4. 地缘因素：

蒙古帝国的疆域过于庞大，地域之间的距离遥远，交通不便，通信困难，这使得中央政权对地方的管理和控制难度极大。中央的政令难以迅速传达至各地，地方的情况也难以及时反馈给中央，导致地方势力容易形成割据局面。

各地区的地理环境和资源分布也不均衡，一些地区拥有丰富的资源和优越的地理位置，而另一些地区则相对贫瘠和偏远。这使得不同地区之间在经济利益和政治地位上存在着竞争和矛盾，进一步加剧了帝国的分裂趋势。