不过仁宗在位不足一年，迁都南京中途夭折。宣宗即位后，他不赞成迁都，但继续维持仁宗的部分做法，仍然称北京为“行在”，而称南京为“京师”。

直到英宗即位后，才在制度层面明确了两京的关系，再次以北京为首都，南京为留都。此后，两京制形成定制，直至大明灭亡。

当然，大明的两京与其他王朝不同，有其固有的特点，其中最显著的就是官制。其他王朝在留都一般仅设“京兆”、“留守”一类的地方最高长官，而不是成建制地设立各级官署。

而大明南京的官制，则基本上是北京的复刻，且南京诸官连品级也与北京一样。不过为了加以区别，南京的官员头衔上照例要加上“南京”二字。

南京远离皇权，皇帝自然要派重臣、心腹作为政权的绝对核心。然而，毕竟皇帝只有一个，南京就没有必要像北京那样设置一个内阁，以备皇帝顾问。所以相较于南北两京的六部，内阁还是具备独特性、唯一性。

既然要在南京设置重臣，那么大明在当时便先设了南京守备、协同守备、守备太监和参赞机务四个官职，组成一个领导机构叫“南京守备厅会议”，以管理南京以及南直隶的相关事务。

永乐十九年迁都北京后，命中军都督府掌事官守备南京，当时的官名为“节制南京诸卫所”。

仁宗即位后，以襄城伯李隆镇守南京；宣德时期，改“镇守”为“守备”，并规定南京守备例由公、侯、伯等勋贵担任，同时南京守备还要兼领中军都督府。

对于南京守备的职能，是有具体记载的：“凡南京守备一应机务，每日会同参赞官于守备厅署理。每月朔望日，守备、参赞等官及各府堂官会同内守备，议合行事务。”

从这里不难看出，“南京守备厅会议”便是最高的权力机构，故而后来《明史》中才有了“南京以守备及参赞机务为要职”的说法。

具体而言，参赞机务的设置是晚于守备的，最早应该是在正统初年才有。根据记载，宣德十年：“英宗即位，命少保、南京户部尚书黄福参赞机务。”

明中期时，朝廷认为南京高层的权力还是过于集中，便于景泰三年增设协同守备一人，也以公、侯、伯等勋贵担任。按例，协同守备也会兼领五府事。

成化时期，朝廷下旨令南京兵部尚书兼任参赞机务一职，此后形成定制。如此一来，南京兵部尚书的地位得以提高，位列南京六部之首。

众所周知的例子是，在原历史上明朝灭亡前后，南京兵部尚书史可法被推举为南京首脑人物，原因无他，正是因为史可法兼着参赞机务的要职。

明代皇帝对文官的态度比较奇怪，依赖的同时又用各种手段限制，信任的同时又非得找人制衡，这也正是宦官得以干预朝政的原因。