四川巡抚李化龙急调播州兵将，巢匪平乱，播州兵力不断受调进入四川川东山区群山与贵州边境山区进行巢匪，四川巡抚李化龙秘密向朝庭奏请暂免勘问，以巢匪观察其是否与扎龙山区的苗匪勾结谋反。

黔川两省意见不一，形同水火，互相责难，最后只有四川巡抚李化龙抽调川东、川南九镇兵力，汇合杨应龙兵力进巢扎龙山区的苗匪。

万历十六年，四川巡抚李化龙历经三年才巢灭匪患，还兵播州府，杨应龙重整军力再次扩充招兵屯粮。

万历十九年，贵州巡抚叶梦熊手下探知播州土司杨应龙，屯兵扩建，已经在娄山关驻扎重兵，似乎有进犯四川川东地区之举，于是，贵州巡抚叶梦熊重议勘问，多次奏请朝廷改派流官治理播州山区。

四川巡抚李化龙与贵州巡抚叶梦熊意见相左，遭致怀疑与斥责，京师打回贵州巡抚叶梦熊重议勘问之举，改由川贵两抚共同处之。

其实播州土司杨应龙其父亲杨烈，主持播州宣慰司一职之时，就已经有了“招兵买马，不臣之心！”只是暗招扩充兵力，当时受到一些地方苗瑶侗傣少数民族族人反对，不臣之心受到牵制。

万历十九年土司杨应龙，已经耕耘播州政权近十年，为了加强少数民族地方权力，拥兵自重，独树一帜，改治新政，窥蜀兵弱，山民叛乱，时有发生。从万历十三到万历十九，百余起山民起义，山匪迭出，每征讨之，止调土司，而川蜀将兵或从借级渐骄蹇，轻汉法刑，川东南、川西北、贵西北、贵东北、贵黔川时有农民暴动，播州兵勇专酷杀伐树威，益结云贵川生苗为两翼臂力，肆虐劫掠，杀戮无度。

万历十九年，秋十月，朝廷下诏命黔蜀两省会勘，土司杨应龙当然愿赴进川蜀巢匪，而久不回黔贵播州，谎骗朝廷，其实是想抢夺川南川东大片土地，占据己有，扩张地盘。

万历二十年，春五月，倭国倭寇丰臣秀吉进犯朝鲜，大开战事，进犯高句丽争夺朝鲜半岛。时值杨应龙妻叔父张时照，秘告其谋反，朝廷下诏召杨应龙入京师责罚问罪，杨应龙请求献金赎罪，并请求带罪立功，于是带兵入高句丽征讨倭国倭寇丰臣秀吉，朝廷允准其进高句丽征战平壤，半年之后调回播州山区。

此时川贵两省也是匪患战事频繁，烽火不断。此时播州土司杨应龙，刚回播州山区重整军务，进山巢匪平叛，抚慰当地苗瑶少数民族土司族群。

不久，播州土司杨应龙，野心膨胀，并在川贵边境海龙囤大山区里，大兴土木，构筑营盘，再次与明王朝分庭抗礼，又在娄山关"排栅挖坑"，建造十三座木关，耸立于群山隘关之上，其它山道绝无进入播州之法门，全部都是百丈、千丈悬崖峭壁，无法攀登。